Bewaffnete Gruppen begingen schwere Verstöße gegen internationale Menschenrechtsnormen und das humanitäre Völkerrecht. Viele dieser Verstöße waren möglicherweise als Kriegsverbrechen einzustufen.

Die M23 und andere bewaffnete Gruppen griffen verstärkt Zivilpersonen an, denen sie Verbindungen zur Gegenseite unterstellten. Die Vereinten Nationen dokumentierten zwischen dem 28. Januar und dem 9. April 2025 mindestens 70 Fälle gezielter Tötungsaktionen durch die M23 in Goma, bei denen mehr als 200 Menschen ums Leben kamen. 

Zwischen Ende Februar und Mitte Mai 2025 führten M23-Kämpfer sechs Angriffe auf Krankenhäuser in Goma durch. Sie entführten und inhaftierten Patient*innen, pflegende Angehörige und kongolesische Soldat*innen, die im Krankenhaus behandelt wurden oder sich dort versteckt hielten. Bei drei Gelegenheiten feuerten M23-Mitglieder in der Nähe oder innerhalb von Krankenhäusern ihre Waffen ab. So beschädigten sie Mitte März in Goma im Stadtteil Ndosho die Notaufnahme des CBCA-Krankenhauses durch Schüsse. Anfang April schossen M23-Kämpfer auch im Krankenhaus des Stadtteils Kyeshero mit scharfer Munition um sich. Dabei töteten sie eine Person und verletzten mindestens zwei weitere.

Am 22. Februar 2025 wurde Yannick Zirhumanana bei einer Schießerei in Goma im Stadtteil Kasika in den Brustkorb getroffen und verletzt. Es war nicht klar, ob absichtlich auf ihn geschossen wurde. Danach durchsuchten M23-Mitglieder sein Haus und beschuldigten ihn, zu den Regierungstruppen zu gehören, was er jedoch bestritt. Ein M23-Kämpfer führte ihn daraufhin zu einem Gesundheitszentrum, wo er ihn durch einen gezielten Schuss aus nächster Nähe in die Stirn tötete. 

Zwischen Februar und Mai tötete die M23 mindestens drei Männer in Goma und einen Vater und seinen Sohn in Süd-Kivu. Einige wurden erschossen, anderen wurde die Kehle durchschnitten. 

Am 10. April 2025 schoss ein Mann, der mit der M23 in Verbindung gebracht wird, dem Ladenbesitzer Gilson Kasareka Makembe in Goma im Viertel Nyabushongo ins Gesicht. Vor dem Laden befanden sich zur gleichen Zeit zwei M23-Kämpfer, die den flüchtenden Schützen weder verfolgten noch den Vorfall untersuchten. Unklar blieb, warum Gilson Kasareka Makembe getötet wurde.

Am 12. Mai wurde der Lkw-Fahrer Alain Byamungu von M23-Kämpfern getötet, nachdem er sich in Goma mit einem Motorradfahrer gestritten hatte, mit dem er fast zusammengestoßen wäre. Nach dem Vorfall wurde Alain Byamungu von einer Gruppe M23-Mitglieder in einem Fahrzeug und auf einem Motorrad verfolgt. Sie schossen auf seinen Lkw und in die Fahrerkabine. Dabei wurde Alain Byamungu getötet und einige seiner Kollegen trugen Verletzungen davon. M23-Kämpfer beschuldigten ihn und seine Kolonne, der FDLR anzugehören.

Im Juni erschoss ein M23-Kämpfer in Nyabiondo, einer Ortschaft im Territorium Masisi in Nord-Kivu, einen Mann aus nächster Nähe. Die Arme des Mannes waren hinter seinem Rücken gefesselt, als er erschossen wurde. M23-Mitglieder hatten ihn des Diebstahls bezichtigt.

Laut Angaben des UN-Hochkommissariats für Menschenrechte (OHCHR) töteten M23-Kämpfer mit Unterstützung von Angehörigen ruandischer Streitkräfte zwischen dem 9. und 21. Juli im Territorium Rutshuru mindestens 319 Zivilpersonen, darunter auch Frauen und Kinder. 

Zwischen Juli und August 2025 tötete die bewaffnete Gruppe ADF bei mehreren Angriffen in der Provinz Ituri und im Territorium Lubero in Nord-Kivu mehr als 250 Zivilpersonen. Bei den Angriffen handelte es sich offenbar um Vergeltungsmaßnahmen für die Militäroperationen kongolesischer und ugandischer Regierungstruppen zur Zerschlagung der ADF.