Налоговики предъявили претензии полусотне резидентов «Сколково» из-за совмещения льгот. Речь об IT-организациях, которые лишились сколковских преференций, но в том же году попытались воспользоваться льготной ставкой по налогу на прибыль как аккредитованные организации из реестра Минцифры. Так, около 50 компаний столкнулись с претензиями ФНС. Первым на тенденцию обратили внимание в РБК.

Резиденты «Сколково» освобождены от налога на прибыль и имущество, а также пользуются льготными ставками по страховым взносам. Однако после того как прибыль компании превышает 300 млн руб., а выручка переваливает за 1 млрд, преференции перестают действовать. Внимание ФНС могут привлечь и другие факторы, говорит адвокат, партнер юридической фирмы «Косенков, Суворов и Партнеры» Александр Ерасов:

«В последнее время налоговая все более пристально следит за правомерностью применения льгот резидентами "Сколково". Основные претензии идут по трем направлениям. Первое — насколько деятельность компании соответствует той, для которой применяется режим "Сколково". Например, действительно ли она занимается разработкой и коммерциализацией собственного ПО. Второе направление — так называемое дробление бизнеса. Резиденты "Сколково" не стали исключением.

Налоговики смотрят, насколько разделение бизнеса между несколькими компаниями является сущностным, соответствует фактическим обстоятельствам и документальному оформлению. Плюс — как устроено ценообразование: не является ли компания центром прибыли, на который необоснованно перемещается прибыль с других фирм. Третье направление связано с порядком выхода из "Сколково", прекращением использования льгот при превышении лимитов по выручке и прибыли.

Налоговики занимают формальную позицию и говорят: если компания ближе к концу года теряет право на льготы "Сколково", она должна платить налог на прибыль не по IT-ставке (5%), а по базовой (25%), и только со следующего года может применять льготу».

В феврале 2026 года Минфин разъяснил, что IT-компании, имеющие статус участника «Сколково», с 2026 года не могут совмещать преференции по налогу на прибыль и страховым взносам. После утраты статуса применять льготы можно, но с нюансами: по налогу на прибыль — только с начала следующего календарного года, по страховым взносам — уже с месяца утраты статуса при соблюдении условий. Однако до этого момента возможность выбора преференций не вызывала вопросов, отмечает партнер юридической компании White Square Игорь Аракелов:

«Подход налоговой прост: никакой нормы, запрещающей резидентам "Сколково" пользоваться общими IT-льготами, просто нет. Как кажется профессиональному сообществу, все обусловлено фискальным интересом. Если до 2025 года резиденты, терявшие право на сколковские льготы, переходили на IT-льготы без проблем, то с 2025 года налоговики начали отказывать, ссылаясь на некий запрет совмещения. При этом прямая норма, вводящая запрет, появилась только с 2026 года. Речь о случае, когда налогоплательщик использует льготы по налогу на прибыль сколковские, а по страховым взносам — IT-шные.

Ни один случай пока не дошел до суда — все на досудебной стадии. Мы считаем, что больших перспектив в судах нет, если только не будет политической воли. Компаниям предложат уточниться и отказаться от IT-льгот, если потеряно право на сколковские. Те, кто не согласится добровольно, ждет проверка, и доначисления будут значительно больше. Думаю, большинство компаний вынуждены будут согласиться. Из 50 до суда дойдут только несколько».

“Ъ FM” направил запрос в ФНС с просьбой уточнить, как служба контролирует правомерность применения льгот резидентами «Сколково», и ожидает ответа.

Анна Кулецкая