Посев горчицы как сидерата сам по себе не обеззараживает почву. Для биофумигации ткани растения нужно тщательно измельчить и сразу заделать во влажную почву. После разрушения клеток глюкозинолаты контактируют с мирозиназой и образуются активные соединения. Чем дольше измельчённая масса остаётся на поверхности, тем больше потенциального эффекта теряется.

Дальнейшие действия зависят от цели. При обычной сидерации достаточно выращивания и последующей заделки зелёной массы по принятой на участке схеме. Для биофумигации нужны достаточная биомасса, мелкое измельчение, быстрая заделка и влажная почва. Даже тогда результат зависит от сорта и фазы развития растения и не бывает гарантированным.

Биофумигация не заменяет севооборот: разные почвенные патогены чувствительны к активным соединениям неодинаково. Горчица при этом сама относится к капустным. Если на участке уже были болезни или вредители этого семейства, использовать её как универсальный «санитар» перед капустой, редисом и редькой не следует. Для обычного огорода горчица прежде всего сидерат, а биофумигация — отдельный приём с конкретной технологией.