Frozen88 :
У меня новый сайт интернет магазин на WordPress + WooCommerce. Тема Купец на элементоре.

Frozen88 :
Проблема со скоростью. Время генерации страницы и ttfb около 2.5 - 3.5 сек.

Понятно, всё грузное. Довеском ещё какие-нибудь дополнительные плагины.

Готовые решения почти всегда лишняя скриптовая нагрузка.

Frozen88 :
Виртуальный хостинг таймвеб.

Отдельно замеряйте скорость хостинга. Есть дешевые тормознутые виртуалки продающиеся под видом доступного, есть шустрые. Т.е. "железо" тоже решает.

Frozen88 :
По тесту PageSpeed Insights  есть множество проблем, буду пытаться исправлять.

Всё не исправите, упрётесь в форматные ограничения и функционал, которые нельзя изменять.

Выход - писать свой ИМ на фреймворке и отказываться от довесков WooCommerce и Elementor.

Frozen88 :
Больше всего грузит метрика, хочу начать с неё.

Метрика не первопричина. Первопричина - скриптовая нагрузка готовых коробочных решений: WP, WC и El.

Frozen88 :
Яндекс метрика сейчас установлена просто плагином, вебвизор включен.

Аналитическую работу с просмотром пользовательский посещений вы не ведете, работаете в слепую - ясненько, понятненько...

Frozen88 :
Хочу услышать мнение из практики по поводу размещения кода Яндекс метрики на сайте.

Практика тут такая. Если сам сайт тормознутый, то никакая практика размещения кода Метрики его не решит.

Метрику можно грузить в отложенном режиме, даже по событию пользовательский активности, но корень проблемы - общая программная архитектура сайта.

Frozen88 :
Яндекс рекомендует ставить код в хедер, но это прилично бьёт по скорости загрузки страниц. Может лучше в футер без задержки или с  setTimeout  3 секунды?

Ставьте в хедер, но всё это частичные меры. Не первопричинные.

Frozen88 :
Кто сталкивался с такой ситуацией на практике?

На практике (спустя время) все кто упираются в эти коробочные нагромождения понимают, что пора отказываться от готовых решений и строить чистую архитектуру сайта без коробочных навесов. 

Либо заниматься долгой и нудной оптимизацией скриптов, что нередко приводит к циклическим багам.

Vladimir SEO  вам правильно указывает - топайте в раздел анализа времени загруженный страниц и смотрите с какой задержкой загружаются рабочие страницы. Если там в пределах 2-х секунд, нормально, если более 3-х - красный флаг.